結合レポートを含むレポート形式の違いについては、こちらのナレッジをご参照ください。
「レポート形式（表形式、サマリー、マトリックス、結合）はどのように選べばよいでしょうか」

他のレポートではできるけれど結合レポートではできないことは、どのようなことがありますか？

１．バケット項目を追加する。

[1000 未満] [1000 以上 ～ 10000 未満] [10000 以上] のように、閾値で区切ってグループ分けする項目を「バケット項目」と呼びますが、結合レポートではこれを使用できません。

数値バケット項目の編集
https://help.salesforce.com/HTViewHelpDoc?id=reports_bucketing_numeric.htm&language=ja

２．クロス条件を追加する。

主従および参照関係のある複数のオブジェクトに跨るレポートで、「子オブジェクトが関連する/しない」の条件設定を「クロス条件」と呼びますが、結合レポートではこれを使用できません。

クロス条件の作成
https://help.salesforce.com/HTViewHelpDoc?id=reports_cross_filters_create.htm&language=ja

３．[項目] ペインから [条件] ペインへ項目をドラッグアンドドロップする。

結合レポート以外のレポートでは、画面左側の項目一覧から、メイン画面上部の設定メニューにドラッグ＆ドロップすることで絞り込み条件項目の指定ができますが、結合レポートではこの操作を行っても画面が反応しません。「追加」ボタンを押して絞り込み条件設定メニューを開く必要があります。

４．条件付き強調表示を適用する。

サマリーレポートおよびマトリックスレポートでは、項目値について、指定した範囲にある場合に色をつけて強調表示することができますが、結合レポートでは使用できません。

データ範囲の強調表示
https://help.salesforce.com/HTViewHelpDoc?id=reports_builder_highlighting.htm&language=ja

５．結合レポートの詳細をスケジュール、または、エクスポートする（ [印刷用に表示] のみ可能）。
レポートの結果を Excel にエクスポートしたり、レポートをスケジュール設定する機能が、結合レポートでは使用できません。

６．商談レポートまたは活動レポートの階層を変更する。

商談および活動（ToDo と行動）レポートでは、ロール設定に基づいた階層ごとの絞込みができますが、商談および活動をブロックとした結合レポートでは、階層を使用した絞込みを行うことができません。

７．結合レポートに基づいて分析スナップショットを作成する。

結合レポートは、分析スナップショットのソースレポートとすることができません。

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